2015-ci ilin oktyabrında MTN-də keçirilən əməliyyat nəticəsində həbs olunanlar arasında nazirliyin Antiterror Mərkəzinin rəis müavini, polkovnik İlqar Əliyev də vardı. Onun həbsindən iki ay sonra – dekabrın 22-də saxlandığı 1 saylı Bakı istintaq təcridxanasında özünü asaraq intihar etdiyi bildirildi.
İ.Əliyevin bir xeyli əmlakının da üzərinə həbs qoyulmuşdu. MTN polkovnikinin ölümü ilə əlaqədar onun barəsində cinayət işinə xitam verilsə də, əmlakları üzərindən həbs götürülmədi. 2017-ci ilin avqustunda isə Bakı Hərbi Məhkəməsi üzərində həbs olan əmlakların müsadirə olunması haqda qərar verdi.
İ.Əliyevin ailə üzvləri həmin qərardan apellyasiya şikayəti vermişdi. Aprelin 19-da Bakı Apellyasiya Məhkəməsi mərhum MTN polkovnikinin əmlakların qaytarılmasını istəyən ailə üzvlərinin şikayətinə baxıb və onlara rədd cavabı verib – apellyasiya şikayəti təmin olunmayıb. Hər iki məhkəmə instansiyası o nəticəyə gəlib ki, həmin əmlaklar cinayət yolu ilə əldə olunub.
İ.Əliyevin müsadirə olunmuş əmlakları arasında Nabranda, Şamaxıda, Göyçayda, Badamdar qəsəbəsində bir neçə torpaq sahəsi və evlər, Nərimanov prospektində obyekt var.
2015-ci ilin oktyabrında milli təhlükəsizlik naziri Eldar Mahmudov işdən çıxarılıb. İki ay sonra həmin nazirlik ləğv edilib, onun bazasında Dövlət Təhlükəsizliyi Xidməti və Xarici Kəşfiyyat Xidməti yaradılıb.
Nazirliyin bir sıra vəzifəli şəxsləri həbs olunub. Onlar vəzifə səlahiyyətlərindən sui-istifadədə, hədə-qorxu ilə tələb etmədə və digər əməllərdə təqsirli bilinərək barələrində müxtəlif müddətli həbs qərarları çıxarılıb.